Successivamente, dopo circa un secolo, il monastero fu abitato da delle monache Cistercensi e nel 1238 fu ingrandito.

L’isola di San Giacomo in Paludo ha una superficie di 1 ettaro ed è situata tra le isole di Murano (iia VE-04) e Burano (iia VE-10), sul canale della Scomenzera. L’uso di quest'isola è stato, nel tempo, molto vario: inizialmente, nel 1046, venne utilizzata come rifugio per i naviganti della laguna che si trovavano in difficoltà a causa del maltempo.

Nel 1456, durante la pestilenza, i lebbrosi dell’isola di San Lazzaro degli Armeni vennero portati a San Giacomo ove rimasero sino al termine dell’epidemia. Nei primi anni di questo secolo, l’isola fu sede di un presidio militare ove furono erette tre piccole caserme. I militari abbandonarono l’isola nel 1964, lasciandola in balia del moto ondoso e del maltempo.